Arxius de Categories: Bioinformàtica
El servidor d’anàlisi de proteïnes per excel·lència (ExPASy)
ExPASy és el Sistema Expert d’Anàlisi de Proteïnes (Expert Protein Analysis System). ExPASy és el servidor de proteòmica de l’Institut Suís de Bioinformàtica que analitza seqüències i estructures de proteïnes. El servidor consta bàsicament de quatre seccions: eines i programari per treballar amb proteïnes, bases de dades, educació i serveis, i documentació.
Potser la característica més [...]
Visualitzador d’estructures de proteïnes Jmol
Jmol és una miniaplicació que ens permet visualitzar models i estructures moleculars en pàgines web, a partir d’arxius de coordenades moleculars inclosos en aquestes mateixes pàgines. El gran avantage de Jmol és que no cal instal·lar-lo a l’ordinador (només cal tenir instal·lat Java), ja que les pàgines web on hi ha emmagatzemades les estructures de [...]
Visualitzador d’estructures de proteïnes RasMol
RasMol és un programa d’ordinador escrit per poder visualitzar i explorar estructures macromoleculars biològiques, tals com les proteïnes que trobem a la Base de Dades de Proteïnes (Protein Data Bank, PDB).
Bàsicament, el procés per poder representar una proteïna s’inicia amb la descàrrega del seu fitxer PDB. Una vegada ja tenim el fitxer, el podem obrir [...]
Banc de dades de proteïnes (Protein Data Bank, PDB)
El Banc de Dades de Proteïnes (Protein Data Bank, PDB) és el repositori central internacional de totes les estructures de proteïnes (i àcids nucleics) que s’han caracteritzat experimentalment.
Les dades de les estructures es guarden en un format específic estàndard per representacions d’estructures de macromolècules determinades bàsicament mitjançant dos mètodes: per Difracció de Rajos X i [...]
Seqüenciar el genoma humà amb Staden Package
El conjunt de programes Staden Package és un grup d’eines de bioinformàtica de programari lliure que serveixen per treballar sobre el muntatge de seqüències de ADN, editar-les i analitzar-les. Staden Package està format per quatre programes diferents entre sí. Els seus components són: trev, pregap4, gap4 i spin. Avui explicarem concretament els dos primers programes, [...]
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)
Probablement, l’eina més coneguda de la bioinformàtica entre els biòlegs és el BLAST. El BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) és un programa informàtic d’alineament de seqüències de tipus local ja sigui de ADN o de proteïnes. Però, què volen dir tot aquest munt de paraules tan complicades? Intentarem explicar-ho amb la màxima claredat possible, [...]
Bioinformàtica
Qui no ha sentit a parlar mai de la Biotecnologia, dels Biocombustibles, o potser de la Bioinformàtica? Hem de reconèixer que el prefix Bio està de moda. En aquests temps moderns que corren, sembla que col·locar aquesta petita paraula davant d’una altra la fa convertir en una de més especial. Però la veritat és que [...]
Comentaris recents