RasMol ist ein Computer-Programm geschrieben, um zu visualisieren und biologischen makromolekularen Strukturen zu erforschen, wie Proteine in der Protein-Datenbank (Protein Data Bank, PDB) gefunden.
Grundsätzlich beginnt der Prozess zur Darstellung eines Proteins mit dem Löschen der HVE. Sobald wir die Datei kann aus dem Programm RasMol öffnen. Dieses Programm hat zwei Haupt-Dropdown wichtig. Die erste (Display) bezieht sich auf die Art, wie Protein. In diesem Menü können Sie verschiedene Optionen, wie das Skelett des Proteins zu wählen, den Raum von Atomen besetzt, die Zeichnung der sekundären Struktur und molekulare Oberfläche, unter anderem. Die zweite (Farben) erlaubt uns, die Farben, die Sie wollen verschiedene Eigenschaften des Moleküls darstellen zu wählen. Wir als Farb-Temperatur-, Sekundar-Struktur, die alle in einer Farbe, für Domains, etc..
Visualisierung der molekularen Oberfläche eines Proteins mit RasMol
Sobald wir das Protein dargestellt haben in unserem Interesse, wir können es drehen und zeigen Sie sie aus dem Englischen ins unterschiedliche strukturelle Merkmale aus allen Blickwinkeln zu sehen.
Schließlich, einschließlich RasMol eigenen Sprache, die Sie mehrere Rendering-Optionen. Sie können bestimmte Eiweißketten wählen, können Farben ändern, und kann über bestimmte Punkte zu vergrößern. Es ist eine sehr lange Liste von Befehlen, die im Handbuch des RasMol gefunden werden kann.
Derzeit können Sie die Version 2.7.4.2 direkt von Synaptic Package Manager, installieren oder Sie können den folgenden Befehl im Terminal ausführen:
sudo apt-get install rasmol
Um zu versuchen visualtizar eines Proteins in der gleichen Weise würden Sie einem Wissenschaftler, jetzt ist die Zeit! Nachdem Sie die Software installiert haben, müssen Sie nur eine PDB-Datei herunterzuladen, wie die von Myoglobin. Sie können den Eintrag von Myoglobin Zugang (das Protein zu Informationen in der Datenbank von Proteinen geschrieben haben) und dem HVE fixer von Myoglobin (die hoffentlich desacarregar). Nach dem Download aus dem HVE Myoglobin, log in, öffnen Sie die Datei des Proteins und kann bereits zu sehen. Werfen Sie einen Blick auf die Speisekarte, die ich bereits erläutert und gehen Sie spielen mit den verschiedenen Optionen angeboten. Eine schöne Kombination ist Cartoon (im Display-drop-down) und färbt sie mit Temperatur-und Struktur (in den Farben Drop-down). Ich hoffe, Sie genießen dieses kleine Abenteuer in der Welt der Proteine!
Dreidimensionale Darstellung von Myoglobin mit dem Programm RasMol
Dieses Programm wurde ursprünglich von Roger Sayle entwickelt. Historisch gesehen war es ein wichtiges Instrument für Molekularbiologen, da das Programm erheblich optimiert, so dass der Benutzer, um es mit geringem Personal-Computer ausgeführt werden. Vor, zeigt das Programm nur auf Makromoleküle Grafiken arbeiten Arbeitsplätze, wo die Studenten nur schwer zugänglich. RasMol ist zu einem wichtigen Forschungs-und Bildungs-Tool auf dem Gebiet der Strukturbiologie.
RasMol ist eine Multiplattform-Programms unter der GNU General Public License. Diese Tatsache macht es noch etwas Besonderes, weil andere Programme vertreten dreidimensionalen Strukturen von Proteinen, ohne eine offene Lizenz (wenn auch kostenlos).
Es ist eine Freude, dass freie Software kann in bestimmten Bereichen arbeiten wie Bioinformatik kennen.
Ja, es ist ein sehr wichtiger Punkt, dass Menschen nicht zu berücksichtigen, wenn es um freie Software. Da in der Wissenschaft, Programme, die oft besser sind als proprietäre Programme!
Du hast recht. In der Wissenschaft gibt es sehr gute kostenlose Software-Tools. Ich weiß ein wenig über dem Gebiet der Elektronik, und es ist ein sehr gutes Programm.