RasMol es un programa de ordenador escrito para poder visualizar y explorar estructuras macromoleculares biológicas, tales como las proteínas que encontramos en la Base de Datos de Proteínas (Protein Data Bank, PDB).

Básicamente, el proceso para poder representar una proteína se inicia con la descarga de su archivo PDB. Una vez ya tenemos el archivo, lo podemos abrir desde el programa RasMol. Este programa tiene principalmente dos menús desplegables importantes. El primero (Display) hace referencia a la manera de ver la proteína. Desde este menú podemos seleccionar varias opciones, como son el esqueleto de la proteína, el espacio ocupado por los átomos, el dibujo de la estructura secundaria y la superficie molecular, entre otros. El segundo (Colours) nos permite escoger los colores que queramos para representar varias características de la molécula. Podemos colorear-según la temperatura, la estructura secundaria, toda de un solo color, por dominios, etc.

Visualización de la superficie molecular de una proteína con RasMol

Una vez ya tenemos la proteína representada según nuestro interés, podemos hacerla girar y visualizarla desde diferentes inglés para ver las características estructurales desde todos los puntos de vista.

Por último, RasMol incluye un lenguaje propio que permite elegir múltiples opciones de representación. Se pueden seleccionar ciertas cadenas proteicas, se pueden cambiar los colores, y se pueden hacer zooms sobre puntos concretos. Hay una lista muy larga de pedidos, que puede encontrar en el manual de RasMol.

Actualmente, se puede instalar directamente la versión 2.7.4.2 desde el Gestor de Paquetes Synaptic, o bien puede ejecutar la siguiente orden en la terminal:

sudo apt-get install rasmol

Si desea intentar visualtizar una proteína de la misma manera que lo haría un investigador científico, ahora es el momento! Ahora que ya tiene el programa instalado, sólo te tienes que bajar un archivo PDB, como por ejemplo el de la mioglobina. Puede acceder a la entrada de la mioglobina (para tener información de la proteína escrita en la Base de Datos de Proteínas) y en el fichero PDB de la mioglobina (que os tendréis que desacarregar). Una vez descargado el fichero PDB de la mioglobina, ingrese al programa, abra el archivo de la proteína y ya podrá visualizar. Puede dar un vistazo a los menús que he explicado antes e ir jugando con las diversas opciones que nos ofrece. Una combinación muy bonita es la de Cartoon (dentro del desplegable Display) y colorear con Temperature o Structure (dentro del desplegable Colours). Espero que os guste esta pequeña aventura dentro del mundo de las proteínas!

Representación tridimensional de la mioglobina con el programa RasMol

Este programa fue originalmente desarrollado por Roger Sayle. Históricamente, fue una herramienta importante para los biólogos moleculares ya que el programa, extremadamente optimizado, permitía al usuario hacerlo correr en ordenadores personales modestos. Antes, los programas visualizadores de macromoléculas sólo funcionaban en estaciones gráficas de trabajo, en las que los estudiantes tenían difícil acceso. RasMol ha convertido en una herramienta educacional y de investigación importante en el campo de biología estructural.

RasMol es un programa multiplataforma y bajo licencia GNU General Public License. Este hecho todavía le hace ser más especial, ya que otros programas de representación de estructuras tridimensionales de proteínas no tienen una licencia abierta (aunque sean gratuitos).

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