Rasmol est un programme informatique écrit de visualiser et d'explorer une structure macromoléculaire biologique tels que les protéines présentes dans la base de données de protéines (Protein Data Bank, PDB).
Fondamentalement, le processus de représenter une protéine commence avec le déchargement de votre APB. Une fois que nous avons le fichier, peut ouvrir en RasMol programme. Ce programme a deux principales listes déroulantes important. La première (Display) désigne la façon dont cette protéine. A partir de ce menu, vous pouvez sélectionner différentes options, telles que le squelette de la protéine, l'espace occupé par des atomes, le dessin de la structure secondaire et de la surface moléculaire, entre autres. La seconde (Couleurs) nous permet de choisir les couleurs que vous voulez représenter différentes caractéristiques de la molécule. Nous, la couleur de température, structure secondaire, une seule couleur, par domaines, etc.
Visualisation de la surface moléculaire d'une protéine avec RasMol
Dès que nous aurons la protéine représentée dans notre intérêt, nous pouvons y retourner et le voir partir de l'anglais pour voir différentes caractéristiques structurelles de tous les points de vue.
Enfin, y compris RasMol propre langue que vous choisissez les options de rendu multiples. Vous pouvez sélectionner les chaînes de certaines protéines, peut changer les couleurs, et peut zoomer sur des points précis. Il ya une très longue liste de commandes, qui peut être trouvé dans le manuel de RasMol.
Actuellement, vous pouvez installer la version 2.7.4.2 directement à partir de Synaptic Package Manager, ou vous pouvez exécuter la commande suivante dans le Terminal:
sudo apt-get install rasmol
Pour essayer visualtizar d'une protéine de la même manière vous un scientifique, c'est maintenant le temps! Maintenant que vous avez le logiciel installé, vous n'avez qu'à télécharger un fichier PDB, telle que celle de la myoglobine. Vous pouvez accéder à l'entrée de la myoglobine (la protéine de disposer d'informations écrites à la base de données de protéines) et le fixateur APB de la myoglobine (qui, espérons-le desacarregar). Une fois téléchargé sur le myoglobine APB, connectez-vous, ouvrez le fichier de la protéine et on peut déjà voir. Jetez un oeil sur le menu qui je l'ai expliqué plus tôt et aller jouer avec les différentes options offertes. Une combinaison de Nice est Cartoon (dans le menu Affichage-down) et la couleur avec la température et structure (dans le menu Couleurs-bas). J'espère que vous apprécierez cette petite aventure dans le monde de protéines!
Représentation en trois dimensions de la myoglobine avec le programme RasMol
Ce programme a été développé initialement par Roger Sayle. Historiquement, il a été un outil important pour les biologistes moléculaires, puisque le programme extrêmement optimisé, ce qui permet à l'utilisateur de le faire tourner sur des ordinateurs modestes personnelle. Avant, le programme affiche uniquement les travaux sur les macromolécules graphiques des postes de travail, où les étudiants étaient difficiles d'accès. RasMol est devenu un outil majeur de recherche et d'enseignement dans le domaine de la biologie structurale.
Rasmol est un logiciel multiplateforme sous la Licence Publique Générale GNU. Ce fait rend encore plus spécial parce que d'autres programmes représentant les structures tridimensionnelles de protéines, sans une licence ouverte (quoique gratuit).
C'est un plaisir de savoir que les logiciels libres peuvent travailler dans des domaines spécifiques tels que la bioinformatique.
Oui, c'est un point très important que les gens ne prennent pas en compte lorsqu'on parle de logiciel libre. Parce que dans la science, les programmes qui sont souvent mieux que les émissions de propriétaires!
Vous avez raison. En science, il existe des outils très bon logiciel gratuit. Je connais un peu le domaine de l'électronique, et il ya un très bon programme.